26 апреля 2011 года на заседании  Ученого совета МГУ имени М.В.Ломоносова было принято решение совместно с участием МГУ имени М.В.Ломоносова и ОАО АКБ «Легион» создать ООО «Институт экспериментальной экономики и финансов МГУ имени М.В.Ломоносова» для коммерческого использования базы данных для ЭВМ «Информационно-аналитическая база данных для финансового и экономического прогнозирования и оценки инвестиционно-заемной системы предприятий и городов Российской Федерации». Решение об участии в ООО «Институт экспериментальной экономики и финансов МГУ имени М.В.Ломоносова» МГУ имени М.В.Ломоносова подписал академик, профессор ректор МГУ имени М.В.Ломоносова В.А.Садовничий.

Основным учредителем являлся МГУ им. М.В.Ломоносова, а со стороны бизнеса в состав учредителей входил банк АКБ «Легион» (ОАО). Также учредителями компании являются представители научно-педагогического коллектива МГУ.

С момента создания команда ИЭЭФ успешно реализовала несколько знаковых и консультационных проектов, в том числе для Департамента науки, промышленности и предпринимательства г. Москвы, ОАО «МТС», ФГУ КОУ ВПО «Академия управления Министерства внутренних дел Российской Федерации», компании Фрост и Салливан (Frost and Sullivan), ЗАО «Байер», ряда предприятий Республики Казахстан.

Председателем Наблюдательного совета Института с 2011 по 7 марта 2021 года являлся доктор юридических наук, профессор, Заслуженный юрист РСФСР, Советник Генерального прокурора России Сухарев Александр Яковлевич